المشهور عند الشيعة إنه مات مسموماً على يد الخليفة العباسي أبي جعفر المنصور ، و ذلك أن الخليفة أبا جعفر المنصور كان قلقا جدا من نشاطات و تحركات الإمام الصادق السياسية، ومما جعله يزداد قلقاً هو محبوبية الإمام الصادق ومترلته العلمية الكبيرة، لذلك كان يحضر الإمام إلى العراق بين الحين والآخر بذريعة أو بأخرى و يخطط لقتله و في كلّ مرة كان الخطر يزول عن الإمام بنحو أو بآخر .وكان الإمام يمنع الشيعة من الترافع إلى قضاة الجهاز العباسي، و ينهاهم ولا يعتبر الأحكام التي يصدرونها واجبةالتنفيذ شرعا.و كان يحذّر الفقهاء والمحدّثين من الانتماء إلى الحكومة ويقول: «الفقهاء أُمناء الرسل، فإذا رأيتم الفقهاء قد ركبوا إلى السلاطين فاتهموهم» . وحين حانت الفرصة للخليفة المنصور دس إليه السم في العنب فمازال الإمام مريضاً حتى توفي سنة 148 هـ .